农业工程实验教学中心源于1952年的南京农学院农业机械化系农业机械实验室，2005年成为校级中心，2008年评选为省级示范中心。目前中心承担学校多个专业的实验教学，实验人员4人；实验项目数158个，年实验人时数3.5万；共有10间功能实验室，面积约4200平方米，教学仪器设备245台（套），价值约860万元，其中大型先进仪器设备16台（套），价值约350万元。
中心以“能力培养，以人为本”为实验教学理念，以创新能力培养为主线，形成了“课内与课外相结合、校内与校外相结合、教师科研课题与学生专业综合实践结合、科学研究与毕业实习相结合”的多模块紧密衔接的立体化开放式实验教学体系。中心积极对校外开放，主要方式有：承担外校师生来中心上课、实习或培训，与兄弟院校联合培养学生，通过校企联合实验室提供学校优质实验资源给企业共享使用，与企业合作进行科研项目研发。近年来，中心为江苏省农业机械管理局、江苏省农业机械监理所、张家港农机局、江苏省农垦总公司、南京市农机服务站等单位举办了多期培训班和职能技能鉴定。
中心主任:何瑞银；副主任:窦祥林
